寺庙占地约100亩，有三道山门，天王殿、大雄宝殿、法堂、藏经阁、客堂、祖堂、斋堂、念佛堂、方丈室、禅堂、明远阁、钟鼓楼、伽蓝殿等大小殿堂四十多座，大部分是清光绪年间(1875-1908)微妙禅师在海外募金重建，其规模在清末居福州五大禅寺之首。寺内有玉佛阁、明远阁、懒安祖师塔、内真身铭等建筑。垣内寄园，花木似锦，周围有古荔三百株，因荔枝品种不同，成熟时间不一，"怡山啖荔"传为佳话韵事，也留下很多名人字画。
玉佛阁在西禅寺内，供奉两尊玉佛。阁为两层建筑。底层供奉释迦牟尼玉佛像，高2.8米，重8吨；第二层卧佛像，长3.7米，重10吨。这一坐一卧两玉佛为我国目前最大的两尊玉佛。阁两旁有联曰："一宇澄清，闽峤新开楼阁好；佛光普照，禅窗依旧荔枝红。"由苏渊雷、虞愚、林宪民等题。阁掩映在荔枝丛中，颇为壮观。
明远阁在寄园内，为清顺治七年(1650)创建。荔枝红时，文人名士，争相邀约，会聚此间品荔，啖荔和咏荔，素称风雅。现存建筑为清光绪三年(1877)重建，双层翘檐，中为厅堂，旁为客房。
寺内懒安祖师塔真身铭，是1952年建在椤枷山的懒安祖师塔毁时迁居入的。懒安和尚名大安，唐代福州长溪人，初入福清县黄檗山学戒律，后往江西洪洲百丈山参拜百丈禅师怀海，深造《禅门规式》，再居沩山，因号大沩。唐咸通八年(867)观察使李景温请来此兴建佛寺，为开山祖师，僧众达三千余人，鼎盛一时。中和三年(883)坐化于方丈室，世寿九十一。今塔内真身铭已建碑亭。此外，寺中文物古迹甚多。除梁代王升天之"冲虚观"、"白龟吐泉"遗址外，还有本寺开山祖师懒安禅师塔内真身铭石碑、唐七星井，弘一大师放生池碑，雪庵禅师朱地金字百寿屏，康熙御笔之《药师经》，佚名僧人剌血缮写的《法华经》、《楞严经》等。西禅寺在历史上还派出僧人任新加坡双村寺、马来西亚槟城双庆寺、越南南普陀寺等地主持，这些国外的寺庙火亦十分兴旺。