石塔寺在石塔路北侧。原在扬州西门外，本晋代遗刹，名蒙因显庆禅院。南朝刘宋元嘉十七年（440年），改为惠昭寺（一作慧昭寺）。唐先天元年（712年）改名安国寺，乾元中（758-778年）始更名“木兰院”，开成三年（838年），得古佛舍利于木兰院，建石塔藏之，易名石塔寺。南宋嘉熙年间（1237-1240年），始移建于扬州城内浮山观之西，其址即今之石塔路北侧、邗江县政府招待所。宝佑中贾似道重修。明崇祯年间（1628年-1644年），僧三昧修寺及塔并建九佛楼。
清康熙四十七年（1708年），僧抚生重修，又建大悲阁、石戒坛。雍正七年（1729年），知县陆朝玑复“古木兰院”旧额。咸丰三年（1853年），寺毁于兵火，唯石塔、戒坛与明代楠木楼尚存。同治光绪年间，寺僧又陆续修建，使石塔寺的主要建筑有天王殿、大雄宝殿、藏经楼等。民国以来庙房大部被拆除改建。1979年因拓建道路，唐代石塔圈入路心绿化带，围栏保护。路亦得名石塔路。1987年，将楠木楼从后院南移重建。
提到石塔寺，会随之想起唐代王播“饭后钟”的故事。据《唐摭言》载，王播少年孤贫，寄食于惠昭寺，每当吃饭钟响，王播即随僧斋粥。日久诸僧厌怠。一日，僧故意先餐，然后敲钟，播往，饭事已了。乃于壁上题诗二句：“上堂已了各西东，惭愧阇黎饭后钟。”后王播离寺他去，发愤攻读，于贞元年间中进士，出任淮南节度使，开府扬州。重访惠昭寺，见当年壁上题诗已笼之碧纱，对世态炎凉感慨至深，又续题二句：“二十年来尘扑面，如今始得碧纱笼。”石塔寺也因此出名。
清乾隆年间扬州知府李逢春重修石塔，并将唐时《藏舍利石塔记》碑刻砌入塔下，故塔上留下不少清代增补的石料构件。塔五级六面，高约7.5米，全部石建。塔基为须弥座，座上周围石栏板上雕刻有动物、花卉图案，望柱上刻有如意形花纹。一、三、五层南北两面各有拱门一个，一、五层可对穿。其它各层各面均凿有石龛，每龛浮雕小佛像一尊，共24尊，体态丰满匀称，端座于莲台之上，体现出唐代的文化艺术风尚。塔顶六角攒尖式，塔刹葫芦形，造型庄严凝重。1962年定为市级文物保护单位。如今石塔、唐代银杏、明楠木楼以及后面现代化的石塔宾馆，古今相间，错落有致，成为古城扬州又一个景点，吸引着中外宾客。