为贯彻全国防震减灾工作会议精神和国务院关于加强防震减灾工作的通知精神，推动和规范全国防震减灾科普教育基地的建设工作，2004年，中国地震局决定在全国开展国家级防震减灾科普基地的认定工作。根据上级要求，我省认真组织，决定推荐南京地震科学馆和苏州市第三中学申报国家级防震减灾科普教育基地。南京地震科学馆和苏州市第三中学的领导高度重视，安排专门人员，精心准备材料，按时完成申报工作。2005年5月，顺利通过中国地震局组织的网上初评（得分85分以上为通过），在通过初评的16个科普基地中我省的2个基地分别列第6和第13位。2005年6月，中国地震局在甘肃省兰州市召开2005年度国家防震减灾科普基地终评认定会议，我省的南京地震科学馆和苏州市第三中学最终评审通过（得票数要超过评委的2/3），成为国家首批命名的20个国家级防震减灾科普教育基地。
南京地震科学馆拥有世界仅存的最大最重的地震仪—大维歇尔地震仪，它是二十世纪初最为先进的观测地震仪器。科学馆内运用大量文字、图片、模型、仪器、宣传片等详细介绍了地震的科学知识。融知识性、趣味性、娱乐性为一体，是社会公众接受地震科普教育专业场所。
南京地震科学馆先后被江苏省、南京市有关部门列为首批“江苏省科普教育基地”、“江苏省青少年科技教育示范基地”和“南京市中小学生校外科技教育基地”。先后被评为“全省科普工作先进集体”、“江苏省地震局防震减灾先进集体”、“优质社区教育基地”、“南京市青少年平安自互教育基地”。