整个建筑群共分为七大殿，分别为朝克钦、明干、却日、珠都巴、甘珠尔、丁克尔、额日特图等，在这7座大殿之外，还有十几座小殿和两千多间僧舍，规模庞大，气势雄伟。
在寺庙建成后的百余年间，该庙成为远近牧民朝拜的主要场所，香火极盛。寺内存有大量的反映蒙古民族历史和生活的壁画，是研究蒙古族史和民族艺术的宝贵史料。
清雍正年间，有一名叫巴拉吉尔隆德布的活佛从遥远的青海历经干辛万苦，一路诵经布道来到锡林河畔，深受巴拉吉尔道尔吉的祟拜和赏识。为了表示对活佛的谢意。于1741年巴拉吉尔王爷给活佛建造了一座小庙。随之贝子庙听教、出家人的增多，小庙里拥挤不堪，乾隆八年(1743年)，开始修建规模宏大的庙宇，砖瓦石佛像经卷，均是驼运、勒勒车拉从张家口、多伦运来，有的从西藏等地运来。
1786年，乾隆帝赐封巴拉吉隆德布为一世活佛以“阿日旺，章龙，斑智达”称号。意为“聪明传教师”。并赐给满、荣、汉、藏四种文字书字匾额颁发了度牒。“班智达葛根庙”由乾隆帝钦赐汉名“崇善寺”。到第二世活佛时佛殿经掌又大规模扩充。具有百多年的兴盛时期。清光绪年间达到极盛。喇嘛最多时达1200多人。庙寺的上层喇嘛与西藏拉萨和山西五台山等地的宗教上层保持薯密切的联系。
贝子庙雕梁画栋，重楼复阁。飞檐斗拱的建筑风格，千姿百态的佛像塑造。富丽堂皇的绘画装饰。均具有鲜明的民族特色。贝子庙历经苍桑，在1966年“破四旧”运动中，几天之内庙顶被砸、塑像捣毁、堆积如山的经卷图书付之一炬。