鼎盛时，寺内住有喇嘛2000余人，僧舍相连，庙地2000余亩，建有经堂、白塔、红塔等宗教设施30余处，均为汉藏式建筑风格。建筑设计精巧，木刻、砖雕、绘画、壁毯，做工考究，细致逼真，栩栩如生。整个建筑气象宏伟，雕梁画栋，飞檐斗拱，金硫碧瓦。建筑布局严谨、风格迥异的堂殿鳞比，疏密有致，充分显示了宗教的神秘氛围，为鄂尔多斯最大的召庙建筑群。
一年四季，准格尔召游人不绝，香火不断，每年农历四月皆定期举办玛尼会，七月举办雅尼会。届时，商贾云集，铺面罗列，佛事活动频繁，是鄂尔多斯地区仅次于成吉思汗陵的又一大宗教盛会，为整个宗教界瞩目。
准格尔召较完整的保留了黄衣喇嘛教的教事活动仪式，对研究北方蒙古族部族的文化、医学、历史都有极高的价值，其召庙志记述完整。所藏经卷浩繁，近年多有散佚，是鄂尔我斯乃至整个宗教界不可多得的珍本。其宗教活动亦如化石一样，完整地保留宗教活动的最初风貌其演变、流传的方式也揭示了黄衣喇嘛教的兴衰与传承，对研究蒙古族政教史也有着特殊的意义。