高昌故城呈长方形，周长5.4公里，分外城、内城、宫城三部份。外墙基宽12米，墙高11．5米，夯士筑成。全城有九个城门，西面北边的城门保存最好。高昌城在13世纪末的战乱中废弃，大部分建筑物消失无存，目前保留较好的外城西南和东南角保存两处寺院遗址。内城北部正中有一座不规则的方形小城堡，当地人称“可汗堡”。1961年，高昌故城被列为国家重点文物保护单位。
高昌故城的内外建筑类型于唐代长安城的形制和布局。进入城内、可参观外城墙、内城墙、宫城墙、可汗堡、烽火台、佛塔等留存较为完整的建筑。外城内西南角有一座全城最大的佛寺遗址，占地1万平方米，佛寺两侧曾立着高大的佛塔，院内正中有残存着菩萨像和壁。