石塔建在高3米多的塔台上，塔台平面呈亚字型，四角均向内收二折，四周围以白石栏杆。塔台南面和北面各有一座四柱三楼通体为汉白玉雕成的仿木结构建筑的牌坊，南面正向的牌坊题额为"慧因最上"、"妙祥真空"；北面居后的题额为"圆觉观音"、"华严海会"。楼顶为庑殿式，楼下拖斗栱，额枋浮雕龙凤和藏文经咒；二边楼柱面上浮雕缠枝八宝，正楼阳面刻清高宗书楹联，石柱和抱框为整石雕成，柱脚用浮雕莲瓣串珠夹柱石，中间锢以铁箍。南面台阶两侧各有石雕辟邪一头，昂首吐舌，身附短翼蹲于石须弥座上，形象十分生动。塔台四角各有约7米的塔式经幢一座，带有密檐式塔的形式；上刻经咒，并有乾隆四十九年的纪年。塔台中央为主塔，塔高15米，为覆钵形的喇嘛式塔。主塔由顶部、塔身及塔基组合而成。塔基呈八角形，其上有八角形须弥座，八面各浮雕有卷草、莲瓣、云彩、蝙蝠等花纹，雕工极精美。腰部雕佛传故事画八幅，即佛门中所谓本身"八相"，画面虽不大，但景物细致生动，呼应配合，是极精美的艺术品。转角处各雕一座力士像，个个跣足赤背，筋肉暴涨，似用力承托状，生动的表现出力士们孔武有力的形象。其上又有一层雕满流云和小坐佛的须弥座，座上以亚字形折角塔座为过渡，承托着覆钵式塔身。塔身正面有佛龛，浮雕三世佛，两旁雕有菩萨立像八个，塔身以上为折角小座承托莲花座、相轮和宝瓶组成的塔刹，两侧飘垂云纹垂带，好似宝冠的帽翅，阳光照射下，宝塔金顶光灿夺目。 这座塔整体形制仿印度佛陀迦耶寺塔的布局，属金刚宝座式塔，但主塔的结构和形制则是我国西藏喇嘛塔的样式，而主塔四隅的经幢式样的小塔、塔台前后的仿木结构石牌坊、台阶两侧的石雕辟邪以及佛教题材的浮雕和装饰性文样的，又是我国汉族建筑和雕刻艺术的传统手法。这些不同的艺术风格融合在一起，使清净化城塔具有独特的风貌，成为清代金刚宝座佛塔建筑中的精华。 清净化城塔前方左右各有碑亭一座，黄琉璃筒瓦重檐歇山顶，上檐斗栱三踩，下檐五踩，四面柱间隔以朱漆木栏，台基四面各出垂踏跺五级。亭内各竖石碑一座：东碑螭首龟蚨，为乾隆四十七年御笔"清净化城塔记"，碑阳满汉文，碑阴蒙藏文；西碑方首石座为乾隆庚子年(四十五年)仲冬月御笔"班禅圣僧并赞"，附满蒙藏三种译文，碑阳刻玉兰花。