仙人洞作为国家级文物保护单位，其保护范围应是以洞口中心为基点，周围100米以内，保护范围外500米内，要保持此区域内的环境与风貌。但1990年修建的海岫地方铁路从洞前穿过，它破坏了洞外的文化堆积，因此，当年省文物考古研究所同海城文管所对遗址曾进行了抢救性发掘。另外，在仙人洞现场，记者发现破坏其环境和风貌的现象比比皆是：在海城河岸边挖水塘，在距洞口不到二十米的地方人工开掘洞穴，更甚的是，不知什么人竟把仙人洞当作了仓库，将木头堆放在洞内。如今，全国众多国家级文物保护单位一一被保护、开发和利用，它们不仅为研究古代文明提供学术参考，同时也为地方经济、旅游发展带来了可观的效益。相比之下，作为鞍山仅有的两个国家级重点保护单位之一的小孤山仙人洞，却只能在青云山脚下孤寂地走向终老，这的确令我们这些后代汗颜。