由灵泉寺向东西方向延伸的宝山沟，即万佛沟，现存石窟2座，塔（殿宇）龛245个，佛、僧雕像数百尊，高僧铭记百余篇。位于寺东的大留圣窟，由道凭法师凿造。窟内镌汉白玉石佛3尊，躯体雄浑高大，雕琢光洁柔美，可惜头被窃去。位于寺西的大住圣窟，隋开皇九年（公元589年）开凿。窟门雕迦毗罗和那罗延神王，身躯魁伟，顶盔贯甲，手持剑叉法器，脚踏牛羊，威然挺立。窟外的墙壁上遍凿佛龛及雕佛刻经。窟内雕镌释迦、弥勒等佛像近百尊。窟顶呈宝相莲花藻井，周围环绕凌空飞舞的飞天，为沉寂的洞窟增添了无限情趣。以两窟为中心，从东到西千米有余，浅龛造像密布山崖，刻于南北朝至北宋时期，历时600余年。灵泉寺万佛沟按年代编排，可看出塔式的沿革，可谓“宝山塔林”，堪称全国最大的高浮雕塔林，是研究古代建筑史、石刻艺术史、佛教史的珍贵文物。灵泉寺石窟1996年被国务院公布为第四批重点文物保护单位。