现存主要建筑有大门楼、奉天坛和明善堂。大门楼的外观具有传统的阿拉伯伊斯兰教建筑形式。大门朝南，高 1230米，基宽6．60米，门宽3．80米，用辉绿岩条石砌筑，分外、中。内三层。第一、二层皆为圆形穹顶尖拱门，第三层为砖砌圆顶。楼顶为平台，四面环筑“回”字形垛子，有如城谍，北墙左右嵌有二万阴刻“月”、“台”石刻，为伊斯兰教徒“斋月”用以望月以便确定起斋日期，整座建筑造型巍峨壮观。
“奉天坛”是穆斯林礼拜的地方，现仅存四围石墙。坛的屋盖明代年间倒塌，殿内四周的空地上尚存花岗岩的残础。入东墙尖拱形正门，看西墙正中有一尖拱形的高大壁龛，桑内刻有古阿拉伯文的《古兰经》经句石刻，保存完好。寺的西北角为“明善堂”，建于明隆庆元年（公元 1567年），因奉天坛礼拜殿屋盖倒塌后，教徒们便移此做礼拜。
在门楼的东侧“祝圣事”内立有元至正十年（公元1350年）、明万历二卜七年（公元1609年）重修清净寺的碑记，是研究泉州伊斯兰教的重要物证。寺内有明成祖于永乐五年（公元1407年）颁发保护清净寺和伊斯兰教的《效谕》石刻一方，极为珍贵。清净寺是我国与阿拉伯各国人民友好往来和文化交流的历史见证，也是泉州海外交通的重要史迹。