相传建寺时,因规模宏大,需用木材无数,为此,有位得道和尚到闽北杉山去向山主化缘.山主以伪善的态度苛刻地说:“你如果能把你们需要的那些大杉树折断尾梢,我可以施舍,听你砍伐。”和尚和山主立约后,当夜作法,狂风掠过,巨杉末梢果然尽折，山主仍然讥笑说:“树可砍倒,且看你怎样运走？”哪知得道和尚用禅杖向折梢的巨杉一撞,巨杉立时不见,而在泉州南禅寺大龙王井,却一株一株的浮涌出来,建寺的木材,就这样筹足了。
元代,寺内建有七级浮图,明嘉靖时,又增建檀樾祠,但屡遭兵焚,历代屡经修葺.现存寺宇是清康熙三十年(l692年)重修的.寺内有七座宋代石塔及石经幢.大雄宝殿前有两口“放生池”,池旁有两座“飞来塔”.关于这两塔的来历,也有一段神话传说.相传当年有一名台湾游方和尚双手托着两座塔,四方化缘.一天,双塔不翼而飞.后来佛祖托梦给他,说他只有找到宝刹,找到真正的立身之地,双塔方能回归.后来,这位台湾的和尚到泉州找到宝刹承天寺后,到该寺定居.不久，果然双塔飞来.耸立在大雄宝殿前.由此取名“飞来塔”。
近年来,台、港、澳同胞及海外华人居士、僧人,纷纷前来承天寺进香,由善男信女捐助按原规模修葺一新的寺宇,已逐步恢复旧观，香火兴旺。