少林寺遗址位于莆田县西天尾镇九莲山林山村，距市区约17公里。
九莲山中有座林泉院，始建于南朝陈永定元年（557年），至北宋嘉佑年间（1056-1063），此寺已形成很盛的武风，成为我国东南沿海武术活动的中心。相传河南嵩山少林寺13武僧帮助唐太宗统一中国后，唐太宗赐于“僧兵”，并准许在全国各地建立十座分寺。据考，莆田县九莲山的林泉院，就是少林寺十座分寺中较早创建的分寺之一。因为规模宏大（占地约三万平方米），武风鼎盛，影响南中国，故称之为南少林寺。据考，该寺于清初被清兵焚毁。
1986年至1988年，莆田县在文物普查中，发现了这座湮灭了几百年的寺院遗址，经过认真发掘，发现了5个刻有“僧兵”、“诸罗汉浴煎茶散”等文字的北宋石槽。史载，只有少林寺才能冠之以“僧兵”二字。据此，经国家文物局批准，1990年12月，福建省考古队对九莲山寺院遗址进行考古发掘，出土了“真觉大师 革隹 堤之塔、林泉院、天佑”唐代石刻和“长兴四年岁次癸巳正月”等字样的南唐陶质鸱尾等珍贵的历史文物。
1992年4月25日，南少林遗址论证会暨重建莆田九莲山南少林寺新闻发布会在北京人民大会堂举行。1998年12月8日，九莲山南少林寺重建工程竣工，开始向海内外开放。 1993年6月4日，福清市文史工作者经过一一番努力，在东张镇少林村找到南少林遗址。此后三年多时间，经考古工作者调查、考证和考古发掘，取得得各种资料证实：位于福清市东张镇少林村的少林遗址是与史籍记载相符的福建少林寺，即历史上俗称的南少林。这个重大成果，已在1996年11月15日的“福清南少林寺遗址发掘和研究成果报告会”上，得到全国各地二十多名专家、学者的充分肯定。