弥陀寺始建于唐代，是蓬莱阁景区内唯一的佛教寺庙。据考证，这里曾是香火极盛的佛教传播基地。时至唐武宗帝，为遏止佛教高速发展造成建寺庙而占耕地过多，人丁脱俗从佛数量激增等不良趋势，发动了禁佛运动。（佛教历史上共发生过四次法难，即灭佛。唐武宗的法难称“会昌法难”，时间不长，因为武宗在位一共才六年。）他勒令在全国范围内拆毁佛教大寺近5000座，拆除小寺40000多座，还俗佛教徒26万多人，如此等等。使佛教受到严重打击。地处极边的弥陀寺也不能幸免，虽未遭拆除之灾，也一度僧尼还俗，门庭冷落。
明万历十一年（1583年），佛教名僧憨山德清（明末四大禅僧之一）来山东崂山传教，含辛茹苦十二年，终于实现了他佛、释、道三教合一、各宗并进、禅净双修思想。由于当时代表了佛教革新的先进思想，在崂山以至于胶东地区的佛教界，影响颇深，他的弟子遍布各地。此间，蓬莱阁内的弥陀寺香火复盛，渐渐扩建成今天的规模。 弥陀，是号称西方三圣之一阿弥陀佛的简称（西方三圣指的是阿弥陀佛，观世音、大势至）。弥陀寺，是为祭祀纪念阿弥陀佛的寺庙。