据《武夷山志》记载：武夷宫始建唐天宝年间(742－755年)，是武夷山最古老的一座宫殿，迄今已有一千多年的历史。武夷宫初建时，并不在今址上，而是筑屋于一曲的洲渚上，称天宝殿。到了南唐保大二年（944年），元宗李王景为其弟李良佐“辞荣入道”，才移建今址，名“会仙观”。会仙观建成后，历代笃信仙家的封建统治者，都不惜花费重金，多次修葺、扩建这座宫殿，改名“仲佑观”。
南宋词人辛弃疾、诗人陆游、理学家刘子军、朱熹等都主管过冲佑观。元泰定五年（1328年），改观为宫，称“万年宫”。明正统四年（1439年），观毁于兵燹。天顺、成化年间（1457－1487年），虽经官府多次拨款修葺，都未能恢复旧观。嘉靖四年（1525年），观又遭火焚，次年创复。即为现在的武夷宫。
年代悠久的武夷宫，虽历代都曾加以修葺，但经不住数次火焚和兵燹，后仅留下几间空房。近年在旅游、文化部门支持下，武夷宫主殿又重新修复，庭院里的两株桂树，则是宋代遗存下来的，是800—900年的古树。全面恢复武夷宫的计划将逐步进行。这座千古名观必将重现昔日的雄姿。