南京总统府，位于古城南京长江路292号，已成为面积达12万平方米的中国近代史遗址博物馆。没有任何一座城市、也没有任何一个建筑群像南京长江路292号大院这样，毫无遗漏地见证了风云激荡的中国近代历史、完整地保存着如此众多的中国近代史的文物古迹。这座充满东方园林优雅之美的院落，目睹了清王朝由盛而衰的屈辱，感受过太平天国“十年壮丽天王府，化作荒庄野鸽飞”的悲壮，也见证了解放战争时期的钟山风雨和国民政府的兴衰荣辱，1949年4月23日，中国人民解放军占领南京，把红旗插在了“总统府”的房顶上。至此，它完整地经历了从中国近代史的起点到终端的百年荣辱沧桑，成为中国近代百年史上最有力的物证。
总统府迄今已有600多年的历史。明朝初年曾是归德侯府和汉王府。清朝为江宁织造署、江南总督署、两江总督署。清朝康熙、乾隆皇帝下江南时均以此为“行宫”。1853年3月太平军占领南京，定都天京，洪秀全在此兴建了太平天国天朝宫殿（天王府）。清军攻破南京后，焚毁宫殿建筑，于同治九年（1870）重建了两江总督署。林则徐、曾国藩、李鸿章、刘坤一、沈葆桢、左宗棠、张之洞、端方等均任过两江总督。
1911年10月辛亥革命爆发后，1912年1月1日，孙中山在此处宣誓就任中华民国临时大总统，并组建了中国历史上第一个共和制的国家政权──中华民国临时政府。1912年4月，临时政府结束，在这里成立了以黄兴为留守的南京留守府 ；1913年“二次革命”中 ，又成为讨袁军总司令部，黄兴、何海鸣先后任司令。
1913年至1927年，这里先后成为江苏都督府、江苏督军署、江苏将军府、江苏督办公署、副总统府、宣抚使署、五省联军总司令部、直鲁联军联合办事处等机构。军政主官有程德全、张勋、李纯、齐燮元、卢永祥、冯国璋、孙传芳、杨宇霆、张宗昌等人。
1927年4月南京国民政府成立后不久，即于9月移驻这里办公。1928年10月，国民政府实行“五院制“，辟国民政府东院（东花园）为行政院办公处 ，国府西院（西花园）为国民政府参谋本部和主计处。至1937年11月，谭延?、蒋介石、林森先后任国民政府主席；谭延?、宋子文、蒋介石、陈铭枢（代理）、孙科、汪精卫先后任行政院长 ；李济深、何应钦、朱培德、蒋介石、程潜先后任总参谋长；陈其采为主计长。
1937年12月南京沦陷后，国民政府先后成为日军第16师团部和伪维新政府行政院，以及汪伪政府的立法院、监察院和考试院；国府东院成为伪交通部、铁道部等机构；国府西院成为伪军事参议院。
1946年5月，国民政府“还都“南京后，这里仍为国民政府所在地。东花园成为国民政府社会部、地政部、水利部和侨务委员会；西花园则成为国民政府主计处、军令部，总统府军务局、首都卫戍总司令部。
1948年5月20日，蒋介石、李宗仁在“行宪国大“分别当选总统和副总统后，国民政府改称总统府。
1949年4月23日南京解放，24日，中国人民解放军占领总统府。从此，揭开了中国历史新的一页。
1998年在总统府旧址之上，开始筹建南京中国近代史遗址博物馆。经过精心的规划和五年的建设，至2003年已初具规模。目前，博物馆总占地面积为9万平方米，共分三个参观区域，3条轴线串起11个展馆。中区（中轴线）主要是民国政府和总统府大院原址原址；西区是孙中山临时大总统办公室、秘书处和西花园，以及参谋本部等；东区主要是两江总督署、太平天国天朝宫殿和国民政府行政院旧址、马厩和东花园。一系列展馆和史料陈列，则分布在这三个区域中。