少林寺遗址坐落在少林自然村嵩山分脉之九莲山弥勒峰南麓，背山面溪，朝东偏南。寺东面的五老峰与河南篙山的五乳峰维妙维肖，少林溪的流向亦与北少林寺旁的少阳溪相同。从寺址地形上看，从少林尾经少林石路，过少林桥，进入山门，有九个层次分明的大阶地，寺院依山起势成阶梯式建筑，前后进深180米，主座及两厢附廊宽达68米，建筑面积近20000平方米。寺院建筑群十分浩大，寺内有极为完整的排水系统和用特制的瓦筒安装的供水设施，其四周还筑有防火墙，墙外还有附属建筑物，极为雄伟壮观，是一座高规格的大型禅宗寺院。在寺院西南角约百米处，有一块占地约 800多平方米的马厩，相传系当年和尚圈马之地，至今村民仍称该 处为马房。另外，在少林寺南面约 300米处有一座小山坡，为当年和尚放马的地方，因马群常遭虎豹伤害，称为虎咬马山坡。 福清少林寺遗址，经国家文物管理局批准，从1995年 7月起由福建省和福州市联合组成的考古队进行发掘，出土了大量少林寺文物，充分验证该遗址就是史籍记载的少林寺。