元明清天妃宫遗址博物馆位于天津市河东区大直沽中路，占地面积五千八百平方米，建筑面积三千余平方米。博物馆主体建筑中央为元明清大殿基址，周围设两层展厅。展览的主题为“海洋的旋律”，以二百余件出土文物及与海洋文化、妈祖文化有关的船舶、建筑等复原模型和三百幅图片，向观众展示古代人类从事海洋文化实践活动、天津城市的起源、妈祖文化现象、遗址的发掘等内容。
博物馆前广场矗立一通柱式雕像，通柱象征桅杆，外包石材，采用浮雕手法，自下向上雕刻着代表元、明、清三代不同的海洋图案。柱的顶端立一尊妈祖像，为一年轻民间少女，双手轻轻地捧在胸前，双目远望，衣上的锦带随风飘舞，似在期盼远航的人们平安归来，期盼祖国早日统一。
元定都大都(今北京)后，为解决大都的粮食供应问题，开辟了东南沿海到直沽的漕运，东南沿海的粮食等物资源源不断地运往大都。为了保证海上航行的安全，元政府于元世祖至元年间(公元一二八一至一二八四年)在大直沽修建了天妃灵慈宫。这是中国北方地区年代最早的妈祖庙。它与福建湄州妈祖庙、台湾北港朝天宫并称为中国三大妈祖庙。
一九九八年十二月至一九九九年一月，天津市考古工作队在天妃宫遗址发掘出元代建筑基址与明、清时期的天妃宫大殿基址，并出土了大量的元、明、清建筑构件和生活用品。二000年九月，国家文物局专家组专程对遗址进行鉴定，确认大直沽是天津历史文化名城的原生点，天妃宫则是这个原生点的标志，是天津历史上唯一极为宝贵的遗迹。为了保护这一重要的历史遗存，天津市政府决定在原址建立元明清天妃宫遗址博物馆。