瞿昙寺殿是瞿昙寺主体建筑之一。建于明洪武二十五年（1392年），俗称“前殿”。
是一座重檐歇山式建筑，内檐门额上悬有敕赐金书“瞿昙寺”三字的横匾一方，下款有“大明洪武二十六年立”字样。瞿昙寺殿虽经补修，但完好地保留了原来的建筑风格和规模。殿内塑有三大古佛，8尊菩萨像，还有清光绪十二年（1886年）施的铜灯一盏，殿门外有明永乐年间（1403—1424）施的乌金大煨炉一个。有“独尊”匾一块，书法浑厚庄重，遒劲有力。殿内两侧和内夹墙墙壁上绘满各式精美的壁画，是明代壁画精品。
隆国殿，俗称大殿，和瞿昙寺殿、宝光殿在同一条中轴线上，是全寺最高大壮丽的建筑，面积约900平方米，重檐庑殿顶，四面设明廊，屹立在宽大的须弥座台基上，前面伸出月台一方，月台左右各设踏垛九级，四面以红砂石栏杆围绕。大小钟鼓楼分别在隆国殿前左右两侧，东西对峙，上设隔扇槛窗，平台外加护栏，可供游人凭栏远眺，欣赏寺内外风光。 壁画廊的巨幅彩色壁画，即所谓“七十二间走水厅”，面积约400平方米，堪称为该寺艺术之最。壁画所绘，多为佛教传说故事。“叨利天众迎佛升天宫图”、“善明菩萨在无忧树下降生”、“净饭王新城七宝衣履太子体”、“龙王迎佛入龙宫图”、“六宫娱女雾太子归宫图”等等。构思巧妙，驰骋想象，贯通三界，纵横太空。技法之纯熟，形象之生动，达到很高的境界，虽历经五百余年，色彩依然鲜艳夺目。德国、加拿大、澳大利亚等国外宾曾来参观，其中有人赞叹说：“画技精炼，构思奇特，真是画中瑰宝，不可多得”。