在这些建筑中,隆国殿是全寺最具代表性,最高大壮观的建筑。重檐庑殿式屋顶,建筑面积912平方米,建于2米多高的花岗岩台基之上,飞檐翘角,雕梁画栋,气势雄伟,富丽堂皇。
瞿昙寺珍藏有十分丰富的文物,琳琅满目,不胜枚举。弥足珍贵者如明皇帝所赐的御碑,明清时的十多方匾额,御制的金印、银印、铜印、象牙图章、象牙佛珠、檀香木佛珠,石雕米拉日巴像,明青铜巨钟等。寺内约800平方米的壁画,在国内藏传佛教壁画中历史最为久远。寺内的画廊在当地民间被称为“七十二间走水厅”,由中殿(宝光殿)开始,自两侧拾级而上,有斜廊相接,连檐通脊,高低错落有方,下有排水暗道,为瞿昙寺建筑艺术中最具特色的建筑之一。画廊内壁画面积有370多平方米,描绘了释迦牟尼从降生到圆寂的生平经历,画技高超,层次分明,生活气息浓厚。画面采用矿石颜料绘制,虽经600多年风雨,仍艳丽如新。
瞿昙寺依山傍水,雄伟壮观,其内涵丰富的建筑艺术,佛教艺术,雕塑艺术和绘画艺术吸引着成千上万的信士和旅游宾客前来朝佛,旅游观光。