能仁寺旧名承天院。据载始建南朝梁武帝年间（502—549），唐大历年间重建。北宋庆历间，南宗南岳法系十二世白云端禅师来院主持。他一面鸠工庀材，扩建殿宇，一面开堂示讲，传灯阐教，一时众如云集，承天院亦声名藉甚。元至正十二年（1352）因战火而毁。明洪武十二年（1379）又建，弘治二年（1489）改为今名。清咸丰间又毁。现建筑多为清同治九年（1870）重建。
能仁寺建筑依坡就势，纵轴线上依次有山门、天王殿、双阳桥、大雄宝殿、铁佛殿、藏经楼等建筑，寺内殿宇栉比，佛像庄严。犹为引人入胜的是富有神奇特色的“能仁八景”。这八景是：大胜塔、石船、雨穿石、双阳桥、诲尔泉、铁佛、冰山、雪洞。大胜塔，明洪武十二年（1379）建。清咸丰三年（1853）被拆毁三层，同治九年（1870）由九江兵备巡道景福倡修。塔为砖石结构，七级六面楼阁式，通高42.26米。塔门朝西，从第二层起，每层六面均有门，三实三虚。塔内有砖砌梯阶，如此可盘旋而上。此种塔梯结构在我国众多的古塔中，仅为一例。登塔眺望，浔城风光尽收眼底，匡庐雄姿历历在目。
石船，槽状。长一丈五、宽尺余，侧面有铭记，凿于北宋庆历六年。相传宋元祜间，寺僧梦见一面目奇古的铁佛托梦于他，将乘石船浮江至浔阳。次日寺僧至江边迎接，果有铁佛乘石船泊岸，遂找人搬入寺内 供奉。铁佛渡江便成为能仁寺一个有趣的佛教故事。现飞来石船放在天王殿东侧的水池中，船上坐一赤膊跣足，面貌奇古的铁佛。铁佛，生铁铸就。十年浩劫中被毁，现置于石船中的铁佛，是用水泥雕塑而成。
双阳桥，位于新旧天王殿之间，为一座三孔拱桥。它跨于人工开凿的放生池上，造型平稳简雅。池周围有石栏。桥将池分为东西两半。相传每当夕阳西沉，立于池东可观赏到池中有双日倒影，故名。
雨穿石，呈长方形，长、宽二尺余，高三尺。正面雕有云头花饰，底部有铭文，为北宋庆历三年所凿。上面一漏斗形洞穴，传因久置檐下为雨水滴成，故名。这种雨滴石穿的奇物，是鼓励人们锲而不舍的一面镜子。
诲尔泉，为一水井，坐落在大雄宝殿后。口径约一尺，深三尺。水质清凉甘冽 ，被僧徒视为仙水。相传寺中长老常于此讲经说法，僧众饮“仙水”听教诲。
冰山、雪洞原为两座小山。传说一座能喷冻雨，一座能冒雪花。1931年法国传教士强占寺院东边土地建修道院时被破坏。寺僧搬来两块残石，沿用原来名称，置于铁佛殿院内。
近年来，能仁寺为了弘扬祖国的佛教文化，组织了一个佛教乐团，能演奏整套殿堂唱念、诜偈、古典佛曲及南北部分佛曲，能做中型音乐佛事。几年来，该乐团到许多大城市和名山古刹演奏，深受佛教僧众和广大群众的欢迎。