侵华日军第七三一部队始建于1933年，曾以石井部队、东乡部队、关东军防疫给水部的名义从事人体实验、动物实验、生化武器研究生产等战争犯罪活动。1936年开始在哈尔滨平房建立细菌武器研究生产基地，将6.1平方公里的土地作为特别军事区域。1945年8月，七三一部队败逃之际炸毁了大部分建筑，形成现在旧址的整体格局。
侵华日军第七三一部队旧址(简称七三一旧址)属近现代重要史迹，遗存年代为1936～1945年。侵华日军第七三一旧址现有重点保护遗存27处，现有面积24.8万平方米，是世界历史上规模最大的细菌武器研究、实验及制造基地，是日本军国主义违背国际公约，用活人进行冻伤、细菌感染、毒气实验的大本营，是发动细菌战争的策源地，是日本对外侵略扩张、掠夺资源、践踏主权的重要罪证。
1997年被中宣部授予全国百个爱国主义教育示范基地，2005年，被国务院公布为全国百个红色旅游经典景区，2006年，被国务院公布为第六批全国重点文物保护单位，2012年被国家文物局列入中国世界文化遗产预备名单。